自社利用のソフトウエアにつき物理的な除却、廃棄、消滅等がない場合であっても、以下のそれぞれの事由がある場合には、当該ソフトウエアの帳簿価額（処分見込価額がある場合には、これを控除した残額）をその事実が生じた日の属する事業年度の損金の額に算入することができます。 利用されていないことが明確に説明できない場合には、除却が認められないことがありますので注意が必要です。
(1)自社利用のソフトウエアについて、そのソフトウエアによるデータ処理の対象となる業務が廃止され、当該ソフトウエアを利用しなくなったことが明らかな場合
(2)ハードウエアやオペレーティングシステムの変更等によって他のソフトウエアを利用することになり、従来のソフトウエアを利用しなくなったことが明らかな場合
●関係法令通達
法人税基本通達7-7-2の2